RasMol_2.7.2.1 e' un programma per la visualizzazione di molecole in 3D, progettato per la visualizzazione di proteine, acidi nucleici e piccole molecole, basato su RasMol-2.6. di Roger Sayles. Il programma ha come finalita'la visulizzazione di immagini di qualita' per scopi didattici e di divulgazione. RasMol e' compatibile con i seguenti sistemi operativi: Microsoft Windows, Apple Macintosh, UNIX e VMS. Le versioni UNIX e VMS richiedono un display X Windows a 8, 24 o 32 colori(X11R4 o successivo). Il programma legge file di coordinate molecolari e mostra interattivamente la molecola su schermo in una serie di schemi di colori e di rappresentazioni molecolari. Le rappresentazioni attualmente disponibili includono i fili di ferro depth-cued, cilindri ' Dreiding ', sfere da riempire (CPK), sfere e clindri, solidi e nastri biomolecolari, le etichette dell'atomo e le superfici punteggiate. Si puo' accedere alla sezione RasMol help digitando "help " o "help " dalla command line. Per accedere alla lista completa dei comandi di RasMol basta digitare "help commands", oppure, in modo abbreviato "help". Si prega dileggere con attenzione le note riportate nella sezione "help notices". RasMol Copyright (C) Roger Sayle 1992-1999 Versione 2.6x1 Modifiche Copyright (C) Arne Mueller 1998 Versionse 2.5-ucb and 2.6-ucb Modifiche Copyright (C) UC Regents/ModularCHEM Consortium 1995, 1996 RasTop 1.3 Copyright (C) Philippe Valadon 2000 Versione 2.7.0, 2.7.1, 2.7.1.1, 2.7.2, 2.7.2.1 Modifiche Copyright (C) Herbert J. Bernstein 1998-2001 rasmol@bernstein-plus-sons.com ?notice ?notices Questo software e' stato creato da diverse fonti. La maggior parte del codice deriva dalla versione 2.6 di RasMol 2.6, come ideata da Roger Sayle. Vedi: ftp://ftp.dcs.ed.ac.uk/pub/rasmol Il codice di torsione dell'angolo, il nuovo codice POVRAY3 ed altre caratteristiche derivano dalle revisioni 2.6x1 di RasMol curate da Arne Mueller. Vedi: ftp://nexus.roko.goe.net/pub/rasmol Il codice Ramachandran per printer plot deriva da fisipl creato da Frances C. Bernstein. Vedi il programma su nastro della Banca Dati delle Proteine. Le modifiche CIF fanno uso di un archivio basato in parte sull'archivio CBFlib di Paul J. Ellis e Herbert J. Bernstein. Vedi: http://www.bernstein-plus-sons.com/software/CBF Parti della CBFlib sono liberamente basate sul pacchetto software CIFPARSE della NDB presso la Rutgers University. Vedi: http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/software Per avere informazioni sulle note delle applicazioni digitare i comandi RasMol 'help copying', 'help general', 'help IUCR', 'help CBFlib', e 'help CIFPARSE'. Digitare invece 'help copyright' per ottenere informazioni sulle licenze. Per la versione RasMol V2.6 o per le versioni le precedenti, digitare il comando 'help oldnotice'. ?copyright Copyright RasMol 2.7.2.1 Programma per la visualizzazione di Molecole in 3D 2 Aprile 2001 Basato su RasMol 2.6 di Roger Sayle Biomolecular Structures Group,Glaxo Wellcome Research & Development Stevenage, Hertfordshire, UK Versione 2.6, Agosto 1995, Versione 2.6.4, Dicembre 1998 Copyright (C) Roger Sayle 1992-1999 e Basato sulle modifiche a cura di Autore Versione, Data Copyright Arne Mueller RasMol 2.6x1 Maggio 98 (C) Arne Mueller 1998 Gary Grossman and RasMol 2.5-ucb Novembre 95 (C) UC Regents/ModularCHEM Marco Molinaro RasMol 2.5-ucb Novenbre 96 Consortium 1995, 1996 Philippe Valadon RasTop 1.3 Augosto 00 (C) Philippe Valadon 2000 Herbert J. RasMol 2.7.0 Marzo 99 (C) Herbert J. Bernstein Bernstein RasMol 2.7.1 Giugno 99 1998-2001 RasMol 2.7.1.1 Gennaio 01 RasMol 2.7.2 Augosto 00 RasMol 2.7.2.1 Aprile 01 e con le traduzioni di Autore articolo lingua Isabel Serván Martínez, José Miguel Fernández Fernández 2.6 Manuale spagnola José Miguel Fernández Fernández 2.7.1 Manuale spagnola Fernando Gabriel Ranea 2.7.1 menu e messaggi spagnola Jean-Pierre Demailly 2.7.1 menu e messaggi francese Giuseppe Martini, Giovanni Paolella, 2.7.1 menu e messaggi italiana A. Davassi, M. Masullo, C. Liotto 2.7.1 archivio di aiut Questa edizione da Herbert J. Bernstein, Bernstein + Sons, P.O. Box 177, Bellport, NY, USA yaya@bernstein-plus-sons.com Copyright (C) Herbert J. Bernstein 1998-2001 ?copying rasmol Copying RasMol Questa versione si basa su RasMol 2.6_CIF.2, RasMol 2.6x1 e RasMol 2.6.4. Non e' consentito apportare modifiche a RasMol, ma e' consentita e auspicata la copia e la distribuzione gratuita solo alle seguenti condizioni: 1. Se si include la completa documentazione, specialmente il documento NOTICE, in quello che si intende distribuire, o se si forniscono chiare indicazioni su dove e' possibile ottenere una copia della documentazione; e 2. se si forniscono, dove necessario, i dovuti riferimenti citando in maniera appropriata la versione e gli autori; e 3. se non si lascia in alcun modo intendere che gli autori originali vogliano fornire una garanzia di alcun tipo. Se si desidera utilizzare parti di RasMol in qualche altro programma, e' possibile apportare le conseguenti modifiche di RasMol facendo cio' che legalmente si definisce "lavoro derivato" Tutto questo non soltanto e' consentito, ma viene anche incoraggiato dagli autori nell'osservanza delle seguenti procedure: 4. Fornire una documentazione esaustiva di cosa deferisce dalla versione originale di RasMol e come; e 5. Rendere disponibile la fonte del codice modificato. La presente versione di RasMol non e' di pubblico dominio, tuttavia viene concessa liberamente alla comunita' con l'obiettivo di dare un contributo al progresso della scienza. Le eventuali modifiche, pertanto, devono essere apportate in tale ottica, consentendoci poi di poterle includere nelle future versioni di RasMol. ?general ?generalnotice ?general notice General Notice Le seguenti note si riferiscono al presente lavoro nella sua interezza ed ai lavori che esso include: * Le attivita' creative dipendono dal continuo e vivace scambio di idee. Ci sono leggi e regole che stabiliscono diritti e responsabilita' sia per gli autori sia per i fruitori. Con questo avviso non si intende scoraggiare l'uso del software e dei documenti in esso contenuti, ma evitare ogni possibile fraintendimento su termini e condizioni di uso. * Si prega di legere attentamente la seguente nota. Se non dovesse essere comprensibile, anche se solo in parte, si consiglia di ricorrere alla consulenza di un legale prima di utilizzare il software ed i documenti in esso contenuti. Oltre al rispetto dei diritti di copyright, siete pregati di indicare chiaramente i riferimenti dove e' necessario, citando il pacchetto, gli autori e la URL o le altre fonti do cui deriva, o fornendo i riferimenti primari equivalenti in letteratura con gli stessi autori. * Alcuni dei software e dei documenti inclusi all'interno di questo pacchetto sono proprieta' intellettuale di diverse parti, tuttavia cio' non implica che tali diritti siano in qualche modo diminuiti o alienati. * Per i software o documenti sottoposti a Copyright, TUTTI I DIRITTI SONO RISERVATI AI PROPRIETARI DI TALE COPYRIGHT. * Gli autori dei vari documenti e software qui inclusi si sono sforzati di assicurare che la documentazione rispecchi il funzionamento di questi, tuttavia, nel caso in cui si dovessero riscontrare eventuali problemi, la vostra segnalazione ci e' particolarmente gradita. I programmi, i documenti ed ogni file creato dai programmi sono stati forniti **COME SONO** senza alcuna garanzia di correttezza, commerciabilita' o conformita' per uso generale o particolare. * OGNI RESPONSABILITA', PER QUALSIASI CONSEGUENZA AVVERSA DERIVANTE DALL'USO DEI PROGRAMMI O DEI DOCUMENTI O DI QUALSIASI FILE O FILE CREATI DALL'USO DEI PROGRAMMI O DEI DOCUMENTI E' ESCLUSIVAMENTE A CARICO DEI FRUITORI DEI PROGRAMMI O DEI DOCUMENTI O DEI FILE E NON A CARICO DEI RISPETTIVI AUTORI DI QUESTI. La copia e la distribuzione del presente pacchetto, se non si apportano modifiche o prodotti derivati, e' subordinata all'accettazione delle condizioni summenzionate, e al rispetto dei termini e delle condizioni sottoelencati: 1. Se si include la completa documentazione, specialmente il documento NOTICE, in cio' che si intende distribuire, o se si forniscono chiare indicazioni su dove e' possibile ottenere una copia della documentazione; e 2. Se si forniscono, dove necessario, i dovuti riferimenti citando in maniera appropriate la versione e gli autori; e 3. Se non si lasca in alcun modo intendere che gli autori originali vogliano fornire una garanzia di alcun tipo. Inoltre, e' possibile modificare il presente pacchetto e creare prodotti derivati alle seguenti condizioni: 4. Se si fornisce una documentazione esaustiva di cosa deferisce dalla versione originale di RasMol e come; e 5.Se si rende disponibile la fonte del codice modificato. ?old ?oldnotice ?rasmol v2.6 notice RasMol V2.6 Notice La seguente nota si riferisce alla versione diRasMol V 2.6 ed a quelle precedenti. Le informazioni contenute nel presente documento sono soggette a modifiche senza preavviso e cio' non comporta alcun obbligo da parte del fornitore. Il presente pacchetto viene venduto/distribuito a condizione che, non sia noleggiato, rivenduto o dato in prestito, mediante azioni commerciali o altra forma, o altrimenti fatto circolare senza il consenso del fornitore, in nessun'altra forma di pacchetto o copertina diversa da quella originaria. Non e' consentito riprodurre parti del presente manuale o del software di accompagnamento, conservato su sistemi di ricerca sia di tipo ottico sia di tipo magnetico, nastro o altro supporto, o trasmesso in qualsiasi forma o modo, elettronico, meccanico, fotocopie, o altro se non per uso strettamente personale. Il presente prodotto non puo' essere usato nella progettazione, manutenzione, costruzione, operativita' o uso di impianti nucleari, ne' per il volo, in navigazione o come attrezzatura di supporto da terra per la per comunicazione fra aerei. l'autore non sara' responsabile, integralmente o in parte, per le rivendicazioni o per i danni derivanti da tali usi, incluso morte, bancarotta o guerra. ?iucrpolicy ?iucr policy ?iucr policy IUCR Policy La politica diIUCr per la Protezione e la Promozione del File STAR e degli Standard CIF per l' Exchanging and Archiving Electronic Data Premessa Il File di Informazione Cristallografica (CIF)[1] e' uno standard per lo scambio di informazioni promulgate dalla International Union of Crystallography (IUCr). CIF (Hall, Allen & Brown, 1991) e' il metodo raccomandato per sottomettere pubblicazioni alla Acta Crystallographica Section C, e report di determinazioni cristallografiche ad altre sezioni dell'Acta Crystallographica ed a molte altre riviste. La sintassi di un CIF e' un sottoinsieme del formato piu' generale STAR File[2]. Il CIF ed il File STAR sono gli standard sempre piu' usati nelle scienze strutturali per lo scambio di dati e per l'archiviazione, e possiamo ritenere di aver dato un contributo significativo su questi argomenti in altri campi. Dichiarazione di intento L'interesse della IUCr nel File STAR e' uno standard per lo scambio universale di dati per la scienza, e il suo interesse nel CIF, un formato derivato del File STAR, e' uno standard per l'archiviazione e lo scambio di dati della cristallografia e della scienza strutturale. Protezione degli standard Per proteggere il File STAR e i CIF come standard per lo scambio e l'archiviazione di dati elettronici, la IUCr, per conto della comunita' scientifica, * detiene i diritti di autore (copyrights) sugli standard stessi, * possiede i trademarks ssociati ed i marchi di servizi, e * detiene un brevetto sul File STAR. Questi diritti sulla proprieta' intellettuale si riferiscono solamente ai formati di interscambio, e non ai dati contenuti in essi o nel software usato per la creazione, accesso o manipolazione di dati. Promozione degli standard La IUCr, in veste di garante, impone in caso di vendita o distribuzione di software che supportano File STAR o dati CIF, il rispetto delle seguenti condizioni: * I Software che dichiarano di leggere file scritti per gli standard di File STAR o CIF devono essere in grado di estrapolare i dati pertinenti da un file che sia in conformita' con la sintassi dei rispettivi File STAR o CIF. * I Software che dichiarano di scrivere file per gli standard di File STAR o CIF, devono produrre file che siano in conformita' con la sintassi dei rispettivi File STAR, o CIF. * I Software che dichiarano di leggere le definizioni tratte da un dizionario di dati specifici approvato dalla IUCr devono essere in grado di estrarre ogni definizione pertinente in conformita' con la lingua di definizione del dizionario (DDL)[3] ad esso associata. La IUCr, attraverso il suo Comitato sugli standard CIF, dara' assistenza a chiunque sviluppi software al fine di rendere possibile il rispetto delle summenzionate condizioni. Glossario [1] CIF: e' un file di dati che e' in conformita' con la sintassi di file definita alla http://www.iucr.org/iucr-top/cif/spec/index.html [2] STAR File: e' un file di dati che e' in conformita' con la sintassi di file definita alla http://www.iucr.org/iucr-top/cif/spec/star/index.html [3] DDL: e' la lingua usata in un dizionario di dati per definire to voci di dati in terminidi "attributi". I dizionari ad oggi approvati dalla IUCr, e le versioni DDL usate per la creazione dei dizionari stessi, sono elencate alla http://www.iucr.org/iucr-top/cif/spec/ddl/index.html Ultima modifica: 30 September 2000 La politica della IUCR sui Copyright (C) 2000 International Union of Crystallography ?cbflib CBFLIB La seguente nota di reclamo si riferisce alla versione CBFlib V0.1, da cui deriva in parte il presente codice. * I materiali qui forniti sono stati sviluppati grazie al patrocinio del Governo degli Stati Uniti. Ne' gli Stati Uniti, ne' il U.S. D.O.E., ne' l'Universita' Leland Stanford Junior, ne' i suoi impiegati, offrono alcuna garanzia, implicita o esplicita, o si assumono alcuna responsabilita' legale o di qualunque altro tipo riguardo alla accuratezza, esaustivita' o utilita' di ogni informazione, apparato, prodotto o processo, ne' dichiara che il suo uso non potra' infrangere i diritti pivatamente acquisiti. Il riferimento a qualsiasi prodotto, al suo produttore o fornitore non implica, ne' intende implicare approvazione o disapprovazione o efficacia d'uso. Gli Stati Uniti e l'Universita' manterranno sempre il diritto di usare e diffondere i prodotti per qualunque scopo. Notia 91 02 01 ?cifparse CIFPARSE Parti di questo software sono liberamente basate sul pacchetto software CIFPARSE dalla NDB della Rutgers University. Vedi: http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/software CIFPARSE e' parte dell'applicazione NDBQUERY, un componente del programma per il Nucleic Acid Database Project [ H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. K. Westbrook, A. Gelbin, T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, e B. Schneider. (1992). Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids Biophys J., 63, 751-759.], la cui cooperazione e' fortemente riconosciuta, specialmente nella forma dei concetti di design creati da J. Westbrook. Si prega di assicurarsi che la seguente nota sia presente in CIFPARSE API: Questo programma viene fornito SENZA GARANZIA DI COMMERCIABILITA' O DI ADEGUATEZZA PER SCOPI PARTICOLARI E SENZA ALCUN'ALTRA GARANZIA, ESPRESSA O IMPLICITA. LA RUTGERS NON AFFERMA O GARANTISCE CHE IL SOFTWARE NON POSSA INFRANGERE I DIRITTI DI AUTORE O ALTRI DIRITTI DI PROPRIETA. RasMol e' un programma di grafica molecolare che permette la visualizzazione di proteine, acidi nucleici e piccole molecole. Questo programma e' stato ideato per rendere possibile la visualizzazione, e la produzione di immagini a scopo didattico e di divulgazione. RasMol e' compatibile con i seguenti sistemi operativi e architetture: Microsoft Windows, Apple Macintosh, sistemi UNIX e VMS. Le versioni UNIX e VMS richiedono un display X Windows a 8, 24 o 32 colori (X11R4 o successivo). La versione X Windows di RasMol fornisce supporto opzionale per finestra di dialogo in hardware e comunicazione mediante memoria condivisa e accellerata. (via XInput e le estensioni di MIT- SHM) se queste sono disponibili nell' X Server in uso. Il programma legge file di coordinate molecolari e mostra interattivamente la molecola su schermo in una serie di schemi di colori e di rappresentazioni molecolari. I file di entrata includono, specificamente, i formati Brookhaven Protein Databank (PDB), Tripos Associates' Alchemy y Sybyl Mol2, Molecular Design Limited's (MDL) Mol, Minnesota Supercomputer Centre's (MSC) XYZ (XMol), CHARMm, formato CIF e archivi mmCIF. Se non e' contenuta in archivio l'informazione sul collegamento, RasMol la calcolera' automaticamente. Le rappresentazioni attualmente disponibili includono i fili di ferro depth-cued, cilindri ' Dreiding ', sfere da riempire (CPK), sfere e clindri, solidi e nastri biomolecolari, le etichette dell'atomo e le superfici punteggiate. Fino a 5 molecole possono essere caricate e visualizzate immediatamente. Qualsiasi o tutte le molecole puo' essere ruotata e spostata. Si puo' accedere alla sezione di RasMol help digitando "help " o "help " dalla command line. Per accedere alla lista completa dei comandi di RasMol occorre digitare "help commands", oppure semplicemente "help", in modo abbreviato. Si prega di leggere le note riportate nella sezione "help notices". RasMol Copyright (C) Roger Sayle 1992-1999 Version 2.6x1 Mods Copyright (C) Arne Mueller 1998 Version 2.5-ucb, 2.6-ucb Mods Copyright (C) UC Regents/ModularCHEM Consortium 1995, 1996 RasTop 1.3 Copyright (C) Philippe Valadon 2000 Version 2.7.0. 2.7.1, 2.7.1.1, 2.7.2, 2.7.2.1 Mods Copyright (C) Herbert J. Bernstein 1998-2001 (yaya@bernstein-plus-sons.com) ?commands ?keywords Il programma permette l'esecuzione dei comandi interattivi digitati al prompt di RasMol nella finestra in uso. Ogni comando va dato su un singolo rigo e deve terminare o con un trattino o con un invio. Le parole-chiave si possono digitare indifferentemente con caratteri in maiuscolo o in minuscolo. Tutti gli spazi bianchi sono ignorati, eccetto quelli che separano la parola-chiave dagli argomenti di un comando. Di seguito sono riportati i comandi/parole-chiave attualmente riconosciuti dal programma. Per ulteriori informazioni sulle singole funzioni di RasMol e' necessario digitare "help ". backbone background bond cartoon centre clipboard colour connect cpk define depth dots echo english exit french hbonds help italian label load molecule monitor pause print quit refresh renumber reset restrict ribbons rotate save script select set show slab source spacefill spanish ssbonds star stereo strands structure trace translate unbond wireframe write zap zoom ?backbone Backbone Syntax: backbone {} backbone backbone dash Il comando 'backbone' permette la rappresentazione della sequenza di un polipeptide come una serie di legami che connettono i carboni alfa adiacenti di ciascun aminoacido in una catena. La visualizzazione di questi legami viene attivata e disattivata con il parametro del comando allo stesso modo del comando fili di ferro ( 'wireframe'). Il comando 'backbone off' disattiva la visualizzazione del legame selezionato , e con 'backbone on' o un numero, invece, si attiva. Il numero puo' essere utilizzato per specificare il raggio del cilindro della rappresentazione sia in Angstrom sia in unita' RasMol . Un valore di parametro di 500 (2.0 Angstroms) o maggiore invia un messaggio di errore: "Parameter value too large" (valore di parametro troppo alto: errore). Per colorare gli elementi dello scheletro (Backbone) si utilizza il comando di RasMol 'colour backbone'. Backbone si usa anche come uno dei gruppi predefiniti ("help sets") e come parametro per i comandi 'set hbond' e 'set ssbond'. Il comando di RasMol 'trace' produce uno scheletro dalla superfice liscia, in contrasto con 'backbone' che collega carboni con linee rette. La struttura 'backboneo/oo rappresentata sotto forma di trattini si puo' visualizzare con il comando 'backbone dash'. ?background Background Syntax: background The RasMol 'background' command is used to set the colour of the "canvas" background. The colour may be given as either a colour name or a comma separated triple of Red, Green and Blue (RGB) components enclosed in square brackets. Typing the command 'help colours' will give a list of the predefined colour names recognised by RasMol. When running under X Windows, RasMol also recognises colours in the X server's colour name database. The 'background' command is synonymous with the RasMol 'set background' command. ?bond Bond Syntax: bond + bond pick bond rotate {} Il comando di RasMol 'bond +' aggiunge il legame indicato all' illustrazione, aumentante l' ordine schiavo se il legame gia' esiste. Il comando 'bond pick' seleziona i due atomi specificato dai numeri di serie dell' atomo come le due estremita' d'un legame intorno a cui il comando 'rotate bond ' sara' applicato. Se nessun legame esiste, e' creato. La rotazione intorno ad un legame precedentemente selezionato puo' essere specificata dal comando 'rotate bond ', o puo' anche essere gestita con il mouse, usando il comando 'bond rotate on/off' o icomandi equivalenti 'rotate bond on/off'. ?cartoon Cartoon Syntax: cartoon {} Il comando di RasMol 'cartoon'(vignetta) visualizza una molecola in 'ribbons' (nastri) secondo il modello (MolScript) di Richardson 'cartoons', rappresentato come nastri spessi. Il modo piu'semplice per ottenere la vignetta (cartoon) di una proteina e' quello di usare l'opzione 'Cartoons' dal menu' 'Display'. Il comando 'cartoon' rappresenta i residui al momento selezionati sotto forma di nastro spesso con una ampiezza specificata dall'argomento del comando. Se si usa il comando senza dare un parametro, l'ampiezza del nastro viene determinata dalla struttura secondaria della proteina, come descritta nel comando 'ribbons'. Per default, i terminali C della catena beta vengono visualizzati come teste di frecce. Per attivarli o disattivarli si usa il comando 'set cartoons'. Per regolare la profondita' si usa invece il comando 'set cartoons '. Il comando 'set cartoons' usato senza parametri riporta queste due opzioni per default al loro valore iniziale. ?center ?centre Centre Syntax: centre {} {translate|center} center {} {translate|center} Il comando di RasMol 'centre' definisce il punto attorno al quale con il comando 'rotate' e le barre di spaziamento si fa ruotare la molecola in oggetto. Senza un parametro il comando centre ripistina il centro di rotazione al centro di gravita' della molecola. Se si specifica una espressione di atomo, RasMol fa ruotare la molecola attorno al centro di gravita' del gruppo di atomi specificati dall'espressione. Quindi, se l'espressione specifica un singolo atomo, quest'ultimo restera' 'immobile' durante la rotazione. Per maggiori informazioni sulle espressioni in RasMol si rimanda su 'help expression'. In alternativa, per ottenere un centro di rotazione e' possibile indicare i tre valori separati dalla virgola ed in parentesi quadra [CenX, CenY, CenZ] in unita' RasMol (1/250 di Angstrom) dal centro di gravita'. Le forme facoltative 'centre ... translate'' e 'centre ... center puo' essere usato per specificare l' uso d'un centro spostato di rotazione (non necessariamente nel centro della tela di canapa) o un centro di rotazione che e'disposta al centro della tela di canapa. Cominciando da RasMol 2.7.2, il difetto deve concentrarsi il nuovo asse sulla tela di canapa. ?clipboard Clipboard Syntax: clipboard Il comando di RasMol 'clipboard' invia una copia dell'immagine in uso sul 'clipboard' della grafica locale. Il comando, tuttavia, non si puo' ancora utilizzare su UNIX o macchine VMS. E' stato ideato per semplificare il trasferimento di immagini tra applicazioni in Windows o Apple Macintosh. Se si usa RasMol su sistemi UNIX o VMS e' possibile ottenere questa funzione generando una immagine raster in un formato che il ricettore del programma puo' leggere con il comando di RasMol 'write'. ?color ?colour Colour Syntax: colour {} color {} Questo comando rende possibile l'assegnazione di un colore ad un atomo o ad altri oggetti dell'area selezionata. Il colore viene assegnato sia definendo il nome del colore sia la componente tripla di tre colori Rosso Verde e Azzurro (RVA) separati da una virgola in parentesi quadra. Il comando 'help colours' fornisce la lista di tutti i nomi dei colori predefiniti che sono riconosciuti da RasMol. Gli oggetti che si possono colorare sono 'atomi', 'bonds',(legami) 'backbone',(scheletro) 'ribbons', (nastri) 'labels'( etichette), 'dots', ( punti) 'hbonds' (legami h) e 'ssbonds' (legami ss). Se non si specifica alcun oggetto, il programma per default sceglie come parola atomo. Alcuni tipi di oggetti hanno uno schema di colori definito. Lo schema 'none' (nessuno) si puo' applicare a tutti gli oggetti eccetto atomi e punti, e dunque gli oggetti selezionati non hanno un colore proprio, ma assumono il colore dei loro atomi associati. (cioe' gli atomi a cui si collegano). Gli oggetti 'Atom' (atomo) possono anche essere colorati tramite 'alt', 'amino', 'chain', 'charge', 'cpk', 'group', 'model', 'shapely', 'structure', 'temperature' o 'user', mentre con 'type' si possono anche colorare i legami di idrogeno, e con 'electrostatic potential' le superfici punteggiate. Per maggiori informazioni selezionare 'help colour '. ?connect Connect Syntax: connect {} Il comando di RasMol 'connect' si usa per chiedere al programma di (ri)calcolare la connettivita' della molecola in uso. Cio' automaticamente scartera' le informazioni sulla connettivita' contenute nel file di entrata. Il comando 'connect false' utilizza un algoritmo euristico che e' idoneo a determinare i legami in biomolecole ampie come come proteine e acidi nucleici. Il comando "connect true" utilizza un algoritmo piu' lento che si basa su raggi covalenti e che e' piu' indicato per molecole piccole che contano elementi inorganici o anelli sforzati. Se non viene fornito alcun parametro, RasMol determina quale algoritmo usare basandosi sul numero di atomi nel file. Con un numero di atomi maggiore di 255 RasMol ricorre alla implementazione piu' veloce. Questo e' il metodo usato per determinare i legami, se necessario, quando una molecola viene inizialmente letta utilizzando il comando 'load'. ?define Define Syntax: define Il comando di RasMol 'define' permette all'utente di associare un gruppo di atomi arbitrario con un unico identificatore. Cio' permette la definizione di gruppi definiti dall'utente. Questi gruppi sono dichiarati staticamente, cioe' una volta definiti i contenuti del gruppo non cambia, anche se l'espressione che li definisce dipende dalla attuale trasformazione e rappresentazione della molecola. ?depth Depth Syntax: depth {} depth Il comando di RasMol 'depth' attiva, disattiva o posiziona il piano indietro-clipping della molecola. Il programma dissipa soltanto quelle parti della molecola che sono piu' vicino al visore quel la sezione di taglio. Il numero intero stima la gamma da zero molto al posteriore della molecola a 100 che e' completamente davanti la molecola. I valori intermedi determinano la percentuale della molecola da dissipare. Questo comando si interagisce con il comando 'slab ', che ferma alla parte davanti una data sezione di z-clippingg. ?dot surface ?surface ?dots Dots Syntax: dots {} dots Il comando di RasMol 'dots' si usa per generare una superficie punteggiata van der Waals attorno all'atomo al momento selezionato. Le superfici punteggiate visualizzano punti intervallati da spazi regolari su una sfera del raggio di van der Waals su ogni atomo selezionato. I punti che si trovano all'interno del raggio di van der Waals di qualsiasi atomo (selezionato o no) non vengono visualizzati. Il comando 'dots on' cancella una qualsiasi superficie punteggiata esistente e genera una superficie punteggiata attorno all'atomo al momento selezionato con una densita' di punti pari a 100 per default. Il comando 'dots off' cancella ogni superficie punteggiata esistente. E' possibile stabilire l'intensita' numerica dei pnti fornendo un parametro numerico tra 1 e 1000. Questo valore corrisponde approssimativamente al numero di punti presenti sulla superficie di un atomo di grandezza media. Per default, il colore di ogni punto sulla superficie punteggiata corrisponde a quelo dell'atomo piu' vicino. Per cambiare il colore dell'intera superficie punteggiata si utilizza il comando 'colour dots'. ?echo Echo Syntax: echo {} Il comando di RasMol 'echo' si usa per visualizzare un messaggio nella finestra dei comandi di RasMol. Il parametro della stringa si puo' delimitare in caratteri separati dalle doppie virgole. Se non si specifica alcun parametro, il comando 'echo' visualizza una riga bianca. Questo comando e' particolarmente utile per visualizzare testi dall'interno di un file 'script' di RasMol. ?english English Syntax: English Il comando di RasMol 'English' riporta i menu' ed i messaggi nella versione in lingua inglese. I comandi 'French', 'Italian' e 'Spanish' possono essere usati per selezionare i menu ed i messaggi francesi, italiani e spagnoli. ?french French Syntax: French Il comando di RasMol 'French' riporta i menu' ed i messaggi nella versione in lingua francese. I comandi 'English', 'Italian' e 'Spanish' possono essere usati per selezionare i menu ed i messaggi inglesi, italiani e spagnoli. ?hbond ?hbonds HBonds Syntax: hbonds {} hbonds Il comando di RasMol 'hbond' si usa per rappresentare il legame di idrogeno del backbone (scheletro) della molecola di proteina. Questa informazione e' utile per stabilire la struttura secondaria della proteina. I legami di idrogeno sono rappresentati sia in linee punteggiate sia in cilindri tra i residui del donatore e del ricevente. La prima volta che si usa il comando 'hbond', il programma ricerca la struttura della molecola per trovare i residui legati all'idrogeno per poi riportare il numero di legami all'utente. Il comando 'hbonds on' visualizza i legami selezionati come linee punteggiate, e 'hbonds off' ne elimina la visualizzazione. Per determinare il colore di tali ogetti si utilizza il comando 'colour hbond' command. Inizialmente, ogni legame di idrogeno assume il colore degli atomi a cui e' connesso. Per default le linee punteggiate sono disegnate tra l'ossigeno ricevente e il nitrogeno donante. Utilizzando il comando 'set hbonds' si possono invece usare le posizioni dell'alfa carbonio degli appropriati residui. Cio' e' particolarmente utile quando si esaminano le proteine nella loro struttura scheletrica. ?help Help Syntax: help { {}} ? { {} Il comando di RasMol 'help' fornisce aiuto on-line sull'argomento richiesto. ?italian Italian Syntax: Italian Il comando di RasMol 'Italian' riporta i menu' ed i messaggi nella versione in lingua italiana. I comandi 'English', 'French' e 'Spanish' possono essere usati per selezionare i menu ed i messaggi inglesi, francesi e spagnoli. ?labels ?label Label Syntax: label {} label Il comando di RasMol 'label' consente la formattazione arbitraria di una stringa di testo da associare ad ogni atomo selezionato al momento. Questa stringa puo' contenere, gia' inseriti, 'expansion specifiers' (specificatori di espansione) che visualizzano le proprieta' dell'atomo che viene etichettato. Uno specificatore di estensione consiste in un carattere '%' seguito da un singolo carattere alfabetico che specifica la proprieta' da visualizzare (come per la sintassi printf di C). Si puo' visualizzare un carattere '%' reale utilizzando lo specificatore di espansione '%%'. Con il comando 'label off' si disattivano le etichette assegnate agli atomi al momento selezionati. Per default, se non si fornisce alcuna stringa come parametro, RasMol utilizza le etichette appropriate per la molecola attuale. Con il comando 'colour label' e' possibile cambiare il colore di ogni etichetta. Per default, ogni etichetta assume il colore dell'atomo a cui si riferisce. Per modificare le dimensioni e la spaziatura del testo si usa il comando 'set fontsize' command. Lo spessore dei tratti nel testo visualizzato puo' essere modificato con il comando 'set fontstroke. Per consultare la lista di specificatori di espansione, digitare "help specifiers". ?expansion ?specifiers ?expansion specifiers ?label specifiers Label Specifiers Gli specificatori di etichette sono sequenze di caratteri inclusi nella stringa del parametro dato al comando di RasMol 'label'. Questi specificatori vengono poi descritti quando si richiamano le etichette per visualizzare le proprieta' associate all'atomo che si vuole etichettare. La seguente tabella elenca gli attuali specificatori di espansione. Lo specificatore '%%'fa eccezione rispetto agli altri e viene visualizzato come singolo carattere '%'. %a Atom Name %b %t B-factor/Temperature %c %s Chain Identifier %e Element Atomic Symbol %i Atom Serial Number %n Residue Name %r Residue Number %M NMR Model Number (with leading "/") %A Alternate Conformation Identifier (with leading ";") ?load Load Syntax: load {} Per caricare un file di coordinate molecolari in RasMol: i formati file di molecole validi sono 'pdb' (Protein Data Bank format), 'mdl' (Molecular Design Limited's MOL file format), 'alchemy' (Tripos' Alchemy file format), 'mol2' (Tripos' Sybyl Mol2 file format), 'charmm' (CHARMm file format), 'xyz' (MSC's XMol XYZ file format), 'mopac' (J. P. Stewart's MOPAC file format) o 'cif' (IUCr CIF or mmCIF file format). Se non e' specificato alcun formato, il programma per default assegns 'PDB', 'CIF', o 'mmCIF'. Si possono caricare piu' molecole alla volta, fino ad un massimo di 5. Il comando di RasMol 'zap' si utilizza per cancellare una molecola prima di caricarne un'altra, mentre 'molecule ' seleziona la molecola che si desidera manipolare. Il comando 'load' seleziona tutti gli atomi nella molecola, la centra sullo schermo e la rende secondo il modello wireframe colorato in CPK. Se la molecola non contiene legami (cioe' contiene solo carboni alfa), questa viene rappresentata come scheletro (backbone) carbonio alfa. Se il file specifica un numero di legami inferiore a quello degli atomi, il programma autodetermina la connettivita' utilizzando il comando 'connect'. Il comando 'load inline' consente anche di archiviare le coordinate dell'atomo in script per facilitare l'integrazione con i browser WWW. Un comando load eseguito in un file di script puo' specificare la parola-chiave 'inline' invece del nome di file convenzionale. Questa opzione specifica che le coordinate della molecola da caricare sono archiviate nello stesso file che sta al momento eseguendo i comandi. ?molecule Molecule Syntax: molecule Il comando di RasMol 'molecule' seleziona una di fino a 5 molecole precedentemente caricate per manipolazione attiva. Mentre tutti i molcules sono visualizzati e possono essere ruotati collettivamente (vedere il comando 'rotate all'), solo una molecola alla volta cronometra e' attiva per manipolazione dai comandi che gestiscono i particolari di rappresentazione. ?monitor Monitor Syntax: monitor monitor {} Il comando di RasMol 'monitor' consente la visualizzazione di indictori di distanza (distance monitor). Un distance monitor e' una linea tratteggiata (punteggiata) tra una coppia qualsiasi di atomi, opzionalmente etichettata con la distanza che li separa. Il comando di RasMol 'monitor ' attiva il distance monitor tra i due atomi specificati dai numeri di serie dell'atomo, indicati come parametri. Gli indicatori di distanza (Distance monitors) si attivano o disattivano con il comando 'monitors off'. Per default, gli indicatori visulaizzano la distanza tra i due punti estremi come una etichetta al centro dell'indicatore. Queste etichette si attivano o disattivano con il comando 'set monitors on' e'set monitors off'. Come avviene per molte altre rappresentazioni, il colore dell'indicatore deriva da quello dei due punti estremi. E' possibile modificarlo con il comando 'colour monitors'. I distance monitors si possono aggiungere interattivamente ad una molecola con il mouse, utilizzando il comando 'set picking monitor'. Un click del mouse su un atomo lo identifica sulla command line di RasMol. Inoltre, ogni atomo selezionato con un click incrementa un modulo contatore in modo che, ogni secondo atomo visualizza la distanza tra questo ed il precedente. Il tasto Maiuscolo (shift) puo' servire per formare indicatori di distanza tra un dato atomo e molte altre posizioni. Per rimuovere un distance monitor occorre selezionare una seconda volta la coppia di atomi unita dall'indicatore. ?pause Pause Syntax: pause wait Il comando di RasMol 'pause' si usa in file di script per bloccare temporaneamente la manipolazione locale con il mouse, per poi ripristinarla digitando un tasto qualsiasi della tastiera. Il tasto 'Wait' e' sinonimo di 'pause'. Questo comando si puo' eseguire in file di script di RasMol per sospendere la sequenza di comandi dati in modo da consentire all'utente di esaminare l'immagine corrente. Quando RasMol esegue un comando 'pause' in un file di script, il programma sospende l'esecuzione del resto del file, rinnova l'immagine sullo schermo e ne permette la manipolazione con il mouse e con le barre di spaziamento, o ridimensionando la finestra grafica. Una volta battuto un tasto, il controllo ritorna al file di script alla linea che segue il comando 'pause'. Quando lo script e' in pausa tutti i comandi sono disattivati, ma la molecola puo' ugualmente ruotare, traslare, scalare, essere selezionata e orientata lungo il piano di sezione (slab). ?print Print Syntax: print Il comando di RasMol 'print' invia l'immagine in uso alla stampante locale prestabilita, se non e' specificata un'altra. Nota: questo comando non e' ancora supportato in ambiente UNIX o VMS. Si fa ricorso ai driver di stampanti di Microsoft Windows e Apple Macintosh. Per esempio, le immagini si possono stampare direttamente su una stampante a matrice di punti. Quando si usa RasMol in ambiente UNIX o su sistemi VMS questa funzionalita' si puo' ottenere generando un file in formato PostScript con i comandi di RasMol 'write ps' o 'write vectps' e poi stampa, oppure generando un file di immagine raster e usando un programma di servizio (utility) per stamparlo sulla stampante locale. ?exit ?quit Quit Syntax: quit exit Per uscire dal programma: i comandi di RasMol 'exit' e 'quit' sono sinonimi, eccetto quando si e' negli script a catena (nested). In questo caso, 'exit' termina solo il livello corrente, mentre 'quit' termina tutti gli altri livelli. ?refresh Refresh Syntax: refresh Il comando di RasMol 'refresh' ridisegna l'immagine corrente. Cio' e' utile negli script per assicurare l'attuazione di una lista completa di cambiamenti di parametri. ?renum ?renumber Renumber Syntax: renumber {{-} } Il comando di RasMol 'renumber' numera in sequenza i residui in una catena macromolecolare. Il parametro opzionale specifica il valore del primo residuo nella sequenza. Per default, questo valore e' uno. Per le proteine, ogni aminoacido e' numerato consecutivamente dal terminale N fino a C. Per gli acidi nucleici ogni base e' numerata dal terminale 5' terminus al terminale 3'. Tutte le catene nel database corrente sono rinumerate e gli spazi nella sequenza originale sono ignorati. Il valore per la numerazione puo' essere negativo. ?reset Reset Syntax: reset Il comando di RasMol 'reset' ripristina la trasformazione dell'immagine originale ed il centro di rotazione. La scala di valore e' per default 'zoom 100', il centro di rotazione si trova al centro geometrico della molecola attualmente caricata; con 'centre all' questo centro si sposta al centro dello schermo ed il punto di osservazione resta per default quello stabilito inizialmente. Questo comando non va confuso con quello di RasMol 'zap' che invece cancella la molecola attualmente archiviata, e riporta il programma al suo stato iniziale. ?restrict Restrict Syntax: restrict {} Il comando di RasMol 'restrict' definisce l'area della molecola attualmente selezionata e disabilita contemporaneamente la rappresentazione di quelle parti della molecola (quasi la maggioranza) che non sono state piu' selezionate. Tutti i comandi di RasMol successivi, che modificano il colore di una molecola o la sua rappresentazione, rispondono solo sull'area selezionata al momento. Il parametro di un comando 'restrict' e' una espressione di atomo di RasMol che viene valutata pero ogni atomo della molecola in uso. Questo comando e' molto simile al comando di RasMol 'select', ma differisce da 'restrict' perche' quest'ultimo disabilita le rappresentazioni 'wireframe', 'spacefill' e 'backbone' nell'area non selezionata. Per maggiori informazioni sulla espressione di un atomo in RasMol, digitare 'help expressions'. ?ribbon ?ribbons Ribbons Syntax: ribbons {} ribbons Il comando di RasMol 'ribbons' (nastri) visualizza la proteina attualmente caricata o l'acido nucleico come un nastro "ribbon" solido e dalla superficie liscia che passa lungo lo scheletro della proteina. Il nastro si visualizza tra gli aminoacidi dei carboni alfa selezionati. E' possibile modificare il colore del nastro con il comando di RasMol 'colour ribbon'. Se il colore del nastro e' 'none' (come per default), il colore che assume deriva dal carboni alfa in ciascuna posizione per la sua lunghezza. L' ampiezza del nastro in ogni posizione e' determinata dal parametro opzionale nelle unita' di RasMol. Per default l'ampiezza del nastro deriva dalla struttura secondaria della proteina o un valore costante di 270 (2.88 Angstroms) per acidi nucleici. L'ampiezza delle eliche dell'alfaproteina e dei foglietti beta e' per default 380 (1.52 Angstroms) e 100 (0.4 Angstroms) per i giri e bobina casuale. L'assegnazione della struttura secondaria deriva o dal file PDB o viene calcolata utilizzando l'algoritmo DSSP come per il comando 'structure'. Questo comando e' simile al comando di the RasMol 'strands' che rende il nastro biomolecolare come curve depth-cued parallele. ?rotate Rotate Syntax: rotate {-} La rotazione della molecola su assi specifiche. I valori consentiti per il parametro di asse sono"x", "y" e "z". Il valore intero stabilisce in gradi l'angolo su cui la struttura deve ruotare. Per le assi X e Y , i valori positivi partono rispettivamente dal punto piu' vicino in alto a destra, ed i valori negativi in basso a sinistra. Per le assi Z , una rotazione positiva avviene in senso orario, negativa in senso antiorario. ?save Save Syntax: save {pdb} save mdl save alchemy save xyz Il comando 'saveo/oo riguarda il gruppo di atomi al momento selezionato in un file Protein Data Bank (PDB), MDL, Alchemy (tm) o XYZ. La differenza esistente tra questo comando ed il comando di RasMol 'write' e' stata eliminta, eccetto che senza uno specificatore di formato 'save' crea un file "PDB", mentre 'write' genera una immagine "GIF". ?source ?scripts ?script Script Syntax: script Il comando di RasMol 'script' legge un gruppo di comandi di RasMol in sequenza da un file di testo e li esegue. Cio' consente di memorizzare le sequenze di comandi comunemente usati e di richiamarli con un singolo comando. Un file RasMol di script puo' contenere un ulteriore comando arrivando ad una 'profondita'' massima di 10, il che consente di effettuare complicate sequenze di azioni. RasMol ignora tutti i caratteri dopo il primo '#' su ogni rigo per poter annotare gli script. I file di script sono spesso annotati anche con il comando di RasMol 'echo'. Il modo piu' comune di generare un file di script in RasMol e' quello di usare i comandi 'write script' o 'write rasmol' per produrre la sequenza di comandi che sono necessari per generare l'immagine attuale, la rappresentazione ed il colore della molecola attualmente visualizzata. Il comando di RasMol 'source' e' sinonimo del comando 'script'. ?select Select Syntax: select {} Definisce l'area selezionata della molecola. Tutti i comandi successivi di RasMol che manipolano una molecola o ne modificano il colore o la rappresentazione riguardano soltanto l'area selezionata. Il parametro di un comando select e' una espressione RasMol interpretata per ogni atomo della molecola sulla quale si sta operando. La parte della molecola attualmente selezionata (attiva) riguarda quegli atomi che determinano l'interpretazione della espressione come vera. Per definire la molecola intera si utilizza il comando di RasMol select all. Il comportamento del comando 'select' privo di parametri e' determinato da rasMol con i parametri 'hetero' e 'hydrogen'. Per maggiori informazioni sulle espressioni dell'atomo in RasMol, digitare a "help expression" Set Syntax: set {